微生物肥料的作用是一种综合型作用

微生物肥料的作用是一种综合型作用，一般不立即为粮食作物出示营养元素，关键起间接性营养成分的作用，具体来说关键有以下几层面。

提高土壤肥效

它是微生物肥料的关键作用之一。比如各种各样自生、协同或相互依存的固氮微生物肥料，能够增加土壤中的营养物成分；多种多样溶磷、解钾的微生物，如枯草芽孢菌、假单胞菌的运用，能够将土壤中难溶的磷、钾溶解出去，变化为农作物能消化吸收运用的磷、钾化学物质，使农作物生长发育自然环境中的营养元素供货增加。一些微生物肥料的运用，增加了土壤中的土壤有机质，提升 了土壤的肥效。

改进土壤构造

微生物还能代谢造成很多的胞外核甘酸化学物质，如荚膜多糖、肽聚糖等。研究表明，这种有利微生物造成的糖原化学物质，占土壤土壤有机质的0.1%，他们能与绿色植物根茎分必物、土壤胶体溶液等相互作用,产生土壤土壤胶体。除此之外，他们还参加腐殖产生，改进土壤理化性质。